Is-subborg ta’ San Ġwann huwa magħmul l-aktar minn bini relattivament modern. Madankollu, il-ftit fdalijiet arkeoloġiċi mxerrda fir-reġjun jissuġġerixxu li l-istorja antika ta’ San Ġwann hija minsuġa fl-istorja nazzjonali ta’ Malta.

L-eqdem fdalijiet umani fil-lokalità huma r-ruts tal-karrettun qrib iż-żona Sant Andrija, probabbilment qabel il-Perjodu Puniku, madwar 2300-1000 QK.

Dawn ir-ruts tal-karrettun preistoriċi jissuġġerixxu li r-reġjun seta’ kien fih komunità agrikola li kienet tikkultiva l-widien ta’ dak iż-żmien fertili ta’ Wied Għomor, Wied il-Ballut u Wied Għollieqa. Dawn l-abitanti preistoriċi setgħu għexu fl-għerien naturali fil-qrib. F’Wied Għomor, hemm ukoll numru ta’ blokki tal-ġebel tat-tip megalitiku li setgħu kienu jappartjenu għal struttura Neolitika.

Din il-komunità agrikola kompliet bl-attivitajiet tagħha matul is-sekli ta’ wara. Oqbra Rumani u ċisterna mgħottija ġew skavati mir-reġjun. Madankollu, il-fdalijiet arkeoloġiċi tal-perjodu l-aktar rinomati huwa t-“Torri Ruman” ta’ Ta’ Cieda. Dan it-torri kien wieħed minn tmien torrijiet difensivi li nbnew madwar Malta madwar it-3 seklu wara Kristu. Matul il-perjodu Għarbi r-reġjun kien użat bħala ċimiterju.

Ir-rabtiet Għarab mar-reġjun jistgħu jidhru wkoll fid-diversi ismijiet Semitiċi mogħtija lil diversi lokalitajiet kif arrestati minn diversi dokumenti notarili medjevali. L-ismijiet qodma mogħtija lir-reġjun – Tal-Gharghar, u L-Imsierah – huma eżempji bħal dawn. Matul il-perjodu medjevali, jidher li r-reġjun kien abitat minn tal-inqas żewġ komunitajiet li jgħixu f’Rahal Tigan u Rahal Ger bejn Tal-Għarghar u n-Naxxar].

Ir-reġjun tal-Għarghar [sive` Arar] matul il-perjodu Medjevali milli jidher kien fih ukoll il-knisja parrokkjali ta’ Sant’Elena, abbandunata matul is-seklu 14, u li possibilment tinsab qrib it-Torri Ta’ Ċieda. Il-kappella tal-grotta ta’ San Leonardo llum hija magħrufa bħala l-Kappella tal-Lunzjata.

Il-miġja tal-Ordni ta’ San Ġwann fl-1530 u l-konsegwenzi tal-Assedju l-Kbir tal-1565 ġabu grad ta’ sigurtà minn rejds Torok rikorrenti li wasslu għal żieda fil-popolazzjoni. Minbarra l-kappelli, strutturi mibnija fi żmien il-kavallieri kienu jinkludu Torri ta’ Lanzun (bini ta’ razzett protett [c.1713].

It-tlugħ tal-Għarghar sar post importanti għat-truppi Maltin li jimblokkaw lill-forzi Franċiżi fil-kapitali fl-1798-1800. Ir-Razzett Ta’ Xindi kien serva bħala kwartieri ġenerali tal-Kaptan Vincenzo Borg (Brared).

Iż-żona ftit kienet affettwata mit-Tieni Gwerra Dinjija, għalkemm Torri Lanzun ġarrbet ħsara waqt l-azzjoni tal-għadu.

Il-lokalità dehret fi pjanti tal-Uffiċċju Kolonjali Brittaniku fl-iskema ta ‘difiża ġenerali tiegħu fl-eventwalità ta’ attakk nukleari possibbli. L-Uffiċċju Kolonjali ta bidu għall-bini ta’ tmien imtieħen tad-dqiq taħt l-art f’Malta u Għawdex. Mitħna bħal din b’silo tinsab wara l-Iskola Primarja tal-Istat ta’ San Ġwann.

Is-snin ħamsin wasslu wkoll għall-bini ta’ kunvent mill-Patrijiet Kapuċċini u knisja ġdida li tlestiet f’Diċembru 1959 li saret il-Knisja Parrokkjali fl-1965. Adotta l-isem mill-kappella l-antika ta’ San Ġwann tal-Għargħar.

Il-komunità ta’ San Ġwann żdiedet b’mod sinifikanti fis-sebgħinijiet. Fl-2005 il-popolazzjoni kienet irreġistrata għal 12630 individwu. L-Att tal-Kunsilli Lokali tal-1993 identifika lil San Gwann bħala distrett separat bl-awtorità statutorja tal-gvern lokali tagħha stess. L-ewwel Kunsill ta’ San Ġwann ġie elett fis-16 ta’ April 1994.